Nadleśnictwo Państwowe Lipka powstało dnia 1 stycznia 1954 roku w wyniku zarządzenia Centralnego Zarządu Lasów Państwowych (NO-003/75), wydanego na podstawie upoważnienia Ministra Leśnictwa z dnia 15.01.1951r. Terytorium jego obejmowało w przybliżeniu teren obecnego obrębu Lipka. W momencie utworzenia Nadleśnictwa w jego skład wchodziły: Przejęte z Nadleśnictwa Złotów uroczyska: Wojtówka (obecnie oddz. 138-165), Gronowo Pn ;Gronowo Pd; Gronowski Młyn (tereny te obecnie przylegają do Pn-wsch granicy nadleśnictwa i są w zarządzie Nadleśnictwa Człuchów), Lipka (obecnie l-ctwa Lipka i Potulice oddz. 215-247), Debrzynka ( obecnie oddz. 93-103 południowy brzeg Debrzynki), Osowo (obecnie oddz. 206-214), Topolówka i Buczysko ( obecnie oddz. 171-205) oraz z Nadleśnictwa Lędyczek kompleks Kiełpin (oddz. 105-137 w całości w leśnictwie Kiełpin) Przybliżona powierzchnia nadleśnictwa wynosiła wówczas 4100ha. Nadleśniczym nowo powstałego nadleśnictwa został Ludwik Mądry W roku 1956 dołączono dwa uroczyska z Nadleśnictwa Lipie: - Rozdoły (kompleks na Pn od Debrzynki – obecnie N-ctwo Człuchów) - Babsko ( obecnie oddz. 69-74). Historycznie tereny Nadleśnictwa Lipka różniły się znacznie od siebie. Kompleksy Lipka i Kiełpin stanowiły dawną własność Hohenzolernów i wchodziły w skład prywatnego nadleśnictwa Złotów (Forst Flatow) Gospodarstwo to miało charakter ekstensywny, głównym celem jego było stworzenie jak najkorzystniejszych warunków dla hodowli zwierzyny, rębnie stosowano w ograniczonym zakresie, teren w większości był niedostępny dla prac leśnych podmokły. Gatunkiem preferowanym w odnowieniach był świerk. Kompleks Debrzynka będący własnością większego gospodarstwa prywatnego utworzył się poprzez połączenie leśnych kompleksów drzewostanów bukowych kulturami świerkowymi i sosnowymi. Powstał w ten sposób pas lasu porastający strome zbocza rynny lodowcowej, zapobiegający erozji wodnej. Lasy tamtejsze były trudnodostępne wobec czego uniknęły rabunkowej gospodarki. Urządzeniowcy z 1957 roku wskazują na oddział 96b jako wzorcowy dla obrazu naturalnego drzewostanu bukowego na tym terenie – przez swoje położenie na skarpie uniknął pozyskiwania najlepszych osobników co było powszechną praktyką. Uroczysko Babsko i Rozdoły to dawne lasy miejskie miasta Debrzno. Wojtówka była częścią przedwojennego nadleśnictwa państwowego Zelgniewo (Forst Selgenau). Tamtejsze lasy, głównie sosnowe charakteryzowały się proporcjonalnym występowaniem klas wieku z pewnym niedoborem d-stanów rębnych, opisano je jako wyróżniające się zdrowotnością i jakością. Kompleksy Osowo, Topolówka Buczysko to głownie przejęte lasy chłopskie i zalesienia porolne na gruntach o niskiej przydatności dla rolnictwa. Drugi z obrębów wchodzący w skład nadleśnictwa – Obręb Radawnica w przeszłości także stanowił odrębną jednostkę.

W październiku 1946 roku utworzono Nadleśnictwo Radawnica z lasów Nadleśnictwa Złotów: l-ctwa Nowy Dwór, Dzierżążnia, Górzno, Kamień oraz z Nadleśnictwa Lędyczek: l-ctwa: Spalinów, Podgaje, Krzywa Wieś i Biskupice. Powierzchnia jego wg planu definitywnego urządzania lasu na dzień 1 X 1957 wynosiła 6320,88ha w tym pow. leśna 5817,36ha. W latach 1957-1968 w wyniku przejmowania gruntów od Państwowych Gospodarstw Rolnych i Państwowego funduszu Ziemi powierzchnia nadleśnictwa powiększyła się o 757ha. Także Nadleśnictwo Radawnica nie było jednorodne pod względem pochodzenia. Lasy państwowe były w przeszłości na pow. 2212ha resztę stanowiły lasy upaństwowione w roku 1945, z czego 3401ha stanowiły lasy tzw. większej własności a 1586ha lasy drobnej własności o stopniu zagospodarowania ocenionym jako niski. Nadleśniczym tego Nadleśnictwa do końca jego samodzielnego istnienia był Stanisław Marchel. W roku 1973 w wyniku reorganizacji z Nadleśnictw Radawnica, Okonek i Lędyczek powstało 3 obrębowe Nadleśnictwo Lędyczek, na którego czele stanął Władysław Zaleski. Obręb Radawnica zanim wszedł w skład Nadleśnictwa Lipka jeszcze raz zmienił przynależność i od roku 1979 do 1985 wchodził w skład Nadleśnictwa Okonek.

Zasięg terytorialny Nadleśnictwa Lipka określony został Zarządzeniem Nr 35 Naczelnego Dyrektora Lasów Państwowych z dnia 28.11.1984 r. W skład utworzonego wówczas dwuobrębowego Nadleśnictwa weszły obręby: Lipka i Radawnica. Wcześniej obręb Lipka organizacyjnie związany był z Nadleśnictwem Złotów, a obręb Radawnica z Nadleśnictwem Okonek. Z dniem 1.01.2012 r., na podstawie Zarządzenia Nr 42 Dyrektora Generalnego Lasów Państwowych z dnia 31.08.2010 r. obręby połączono, tworząc jednoobrębowe Nadleśnictwo Lipka.

Aktualny zasięg terytorialny Nadleśnictwa ustalony został Zarządzeniem Nr 83 Dyrektora Generalnego Lasów Państwowych z dnia 29 grudnia 2014 r. Dnia 01.07.2015 r. Nadleśnictwo Lipka przejęło z Nadleśnictwa Człuchów 1809,1736 ha gruntów, 24.12.2015 r. Minister Środowiska zatwierdził aneks do obowiązującego pul (DLP-1.611.23.2015LP). Grunty przejęte z Nadleśnictwa Człuchów posłużyły do utworzenia dziesiątego leśnictwa - Leśnictwa Gronowo.

Organizacji Nadleśnictwa w okresie od 01.01.1985 r. do 01.07.1985 r. podjął się Piotr Przewoski jako pełnomocnik do spraw tworzenia Nadleśnictwa Lipka, a następnie Nadleśniczy do 31.03.1992 r. W roku 1992 przez krótki czas 3,5 miesiąca szefował Nadleśnictwu Janusz Kaczmarek powołany następnie na Dyrektora RDLP w Toruniu. Od 16.10.1992 r. do chwili obecnej Nadleśniczym Nadleśnictwa Lipka jest Janusz Grabowski.