W Unii Europejskiej w latach 90-tych opracowany został europejski system ekologiczny Natura 2000, zakładający tworzenie obszarów chronionych niezależnie od systemów narodowych. Zasady jego tworzenia uregulowane są w dwóch dyrektywach:
- Dyrektywą Ptasia; wersją skonsolidowaną tej dyrektywy jest Dyrektywa 2009/147/WE z 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa,
- Dyrektywą Siedliskowa lub Habitatowa.
W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Lipka znajdują się fragmenty następujących obszarów Natura 2000:
PLH300040    Dolina Łobżonki
PLH300047    Dolina Debrzynki

• PLH300040 „Dolina Łobżonki”

    Obszar ustanowiony Decyzją Komisji z dnia 10 stycznia 2011 r. w sprawie przyjęcia na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG czwartego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny (notyfikowana jako dokument nr C(2010) 9669)(2011/64/UE).

Obszar zajmuje powierzchnię 5894,45 ha. Położony jest w województwie pomorskim, kujawsko-pomorskim i wielkopolskim.

W zasięgu Nadleśnictwa obszar zajmuje powierzchnię 586,13 ha (9,9% ogólnej powierzchni), z czego na gruntach Nadleśnictwa – 362,25 ha

Jest to obszar chroniący rzekę Łobżonkę (Łobzonkę) wraz z fragmentami dopływów - Lubczą i Orlą oraz tereny do nich przyległe, stanowiąc jeden z najcenniejszych obszarów przyrodniczych na Krajnie (Pojezierzu Krajeńskim). Osią obszaru jest około 60 kilometrowa dolina rzeki Łobżonki od okolic Białobłocia i Lutówka aż po dolinę rzeki Noteć (poniżej Osieka n/Notecią). W rzekach dominuje żwirowo-piaszczysty charakter dna i żwawy nurt nawiązujący do rzek podgórskich. Obszar wyróżnia obecność bogatych florystycznie, właściwie wykształconych grądów w odmianie krajeńskiej oraz znaczne powierzchnie ekstensywnie użytkowanych łąk.

W SDF-ie dla obszaru (wg daty aktualizacji 10-2020) odnotowano 20 typów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej (w tym 18 stanowiące przedmioty ochrony) oraz 10 gatunków zwierząt i 2 gatunki roślin z Załącznika II DS, stanowiące przedmioty ochrony.

• PLH300047 „Dolina Debrzynki”

   Obszar ustanowiony Decyzją Komisji z dnia 10 stycznia 2011 r. w sprawie przyjęcia na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG czwartego zaktualizowanego wykazu terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny (notyfikowana jako dokument nr C(2010) 9669)(2011/64/UE).

Obszar zajmuje powierzchnię 920,87 ha. Położony jest w województwie pomorskim
i wielkopolskim.

W zasięgu Nadleśnictwa obszar zajmuje powierzchnię 797,29 ha (86,6% ogólnej powierzchni), z czego na gruntach Nadleśnictwa – 719,28 ha.

Obszar obejmuje istotny pod względem występowania siedlisk Natura 2000 odcinek niewielkiej rzeki Debrzynki, dopływu Gwdy. Krawędzie porośnięte są przeważnie starodrzewiem bukowym. Wzdłuż krawędzi doliny zachowały się także dobrze zachowane wiszące torfowiska źródliskowe. W dolinie występują torfowiska soligeniczne przepływowe, w przeszłości użytkowane jako łąki, obecnie tylko sporadycznie koszone, zarastające szuwarami oraz ziołoroślami. Na znacznym odcinku dobrze zachowała się naturalna strefowość roślinności.

W SDF-ie wg aktualizacji na styczeń 2021 r. dla obszaru odnotowano 8 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej (w tym 2 o znaczeniu ogólnym B, 6 o znaczeniu C),  2 gatunki ssaków, 4 gatunki bezkręgowców oraz 2 gatunki roślin.