Ochrona gatunkowa obejmuje okazy gatunków oraz siedliska i ostoje roślin, zwierząt i grzybów. Ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną, gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk  i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

• Rośliny chronione i rzadkie

  Na gruntach Nadleśnictwa Lipka stwierdzono, 2 gatunki widłaków, 18 gatunków mchów, 1 gatunek paprotnika oraz 17 gatunków roślin naczyniowych objętych prawną ochroną.

•  Zwierzęta chronione

 Na terenie Nadleśnictwa Lipka stwierdzono występowanie 93 gatunków zwierząt objętych prawną ochroną, w tym: 1 owada, 10 płazów, 5 gadów, 63 ptaków i 14 ssaków.

•  Strefy ochrony

 W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

Aktualnie, na gruntach w zarządzie Nadleśnictwa Lipka zatwierdzonych jest 5 stref obejmujących ochroną  miejsca lęgowe bielika (3), bociana czarnego (1) i rybołowa (1). Informacje o stwierdzonych przypadkach gniazdowania zgłaszają leśnicy, ornitolodzy oraz służby konserwatorskie. Wyznaczanie granic miejsc rozrodu i regularnego przebywania oraz prowadzenie wykazu gatunków chronionych strefowo leży w gestii regionalnego dyrektora ochrony środowiska.