Ochrona gatunkowa obejmuje okazy gatunków oraz siedliska i ostoje roślin, zwierząt i grzybów. Ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną, gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk  i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.
a) Rośliny chronione i rzadkie
  Na gruntach Nadleśnictwa Lipka stwierdzono stanowiska 72 gatunków roślin ob-jętych prawną ochroną, w tym: 43 – ścisłą, 29 – częściową. Zlokalizowano również
16 gatunków rzadkich w skali regionalnej lub krajowej.
Występowanie roślin chronionych uwidocznione zostało w opisach taksacyjnych
i na odpowiednich mapach tematycznych (mapy rozmieszczenia). Ze względu na bardzo dużą liczbę stanowisk zrezygnowano z oznaczenia na mapie kruszyny pospolitej (780 stanowiska).
b) Zwierzęta chronione
 Na terenie Nadleśnictwa Lipka stwierdzono występowanie 56 gatunków zwierząt objętych prawną ochroną, w tym 2 owadów, 10 płazów, 4 gadów, 38 ptaków i 2 ssaków.  Potwierdzone, konkretne miejsca bytowania dla części z nich wprowadzono do opisów taksacyjnych i naniesiono na odpowiednie mapy tematyczne.
c) Strefy ochrony
 W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.